Spore bestaat uit 5 fasen waarin je je wezens volgt en ontwikkelt, om uiteindelijk de melkweg te verkennen. De fasen zijn, in chronologische volgorde:
Normaal gesproken begin je in de celfase, maar als je het spel verder doorspeelt, kun je ook beginnen in bijvoorbeeld de stamfase, voor de mensen die sommige fasen saai vinden/lui zijn. Dit kan je ook doen met behulp van cheats.
De uitkomst van elke fase (groen kaartje, blauw kaartje of rood kaartje) bepaalt het archetype dat je in de ruimtefase krijgt.